Ir para o conteúdo

Apptainer

O que é?

O Apptainer é uma plataforma de containers amplamente utilizada em ambientes científicos e de HPC. Ele foi projetado para permitir a execução de aplicações complexas em clusters de forma segura, portátil e reproduzível, garantindo que o ambiente de execução seja idêntico independentemente do nó onde o job será executado.

Em ambientes multiusuário, como clusters, o Apptainer se destaca por funcionar sem a necessidade de privilégios administrativos, integrando-se naturalmente a gerenciadores de fila como o Slurm.

O Apptainer utiliza imagens no formato SIF (Singularity Image Format), que consistem em um arquivo único e imutável contendo todo o sistema necessário para executar a aplicação, incluindo sistema operacional, bibliotecas, dependências e softwares adicionais. Isso facilita o compartilhamento, a versionamento e a reprodutibilidade dos experimentos.

Como utilizar o Apptainer - Cluster Apollo

No Cluster Apollo, o uso do Apptainer é permitido apenas para execução de imagens já construídas.

Por motivos de segurança e padronização do ambiente:

Atenção:

Não é permitido realizar build de imagens (apptainer build) nos nós do cluster.

As imagens devem ser construídas externamente (em máquina local ou outro ambiente apropriado) e enviadas ao cluster no formato .sif.

Passo a passo de Uso

  1. Upload da imagem .sif

    O usuário deve:

    • Acessar a plataforma LIneA Open OnDemand
    • Realizar o upload do arquivo .sif em seu diretório de scratch
      caminho: /scratch/YOUR.USER/IMAGE_NAME.sif

  2. Escolher a forma de execução

O usuário pode executar a aplicação de duas maneiras principais:

  • Opção A – Submissão via Slurm (Forma Recomendada):

Criar um script de submissão, por exemplo job_apptainer.sh: 

#!/bin/bash
#SBATCH -p <PARTITION>                       
#SBATCH --nodes=<QT-NODE>
#SBATCH --account=<ACCOUNT-NAME>               
#SBATCH -J <JOB-NAME>           
#----------------------------------------------------------------------------#
echo "SLURM_NODELIST=$SLURM_NODELIST"

# Caminho da imagem
IMAGE=/scratch/users/YOUR.USER/IMAGE_NAME.sif

# Executa comando dentro do container
srun apptainer run --containall $IMAGE

echo "Finalizado"

  • Opção B – Alocação Interativa:

Para testes ou execução interativa:

  1. Faça alocação de um nó de computação: 

    salloc -p PARTITION-NAME --nodelist=NODE
ssh NODE

  2. Após alocar o nó e acessá-lo via SSH, execute: 

    apptainer exec /scratch/YOUR.USER/IMAGE_NAME.sif YOUR_CODE

  3. Ou ainda, se desejar entrar no ambiente do container: 

    apptainer shell /scratch/YOUR.USER/IMAGE_NAME.sif
    Isso abrirá um terminal dentro da imagem. Dentro do container, o usuário pode executar comandos normalmente.

Boas Práticas no Cluster - Apptainer

✔ Sempre execute via Slurm
✔ Utilize o scratch para os arquivos de imagens e dados temporários
✔ Teste interativamente antes de submeter jobs longos
✔ Mantenha suas imagens versionadas

Qualquer dúvida, entre em contato com o Service Desk.

Última atualização: 2 de março de 2026